Per prima cosa devi spiegare se ogni rispettivo corpo di edificio ricade su entrambe le particelle.
1) Nel senso che se ogni rispettivo edificio ricade solo sulla rispettiva particella intestata ad un solo soggetto è una cosa.
2) Se ogni corpo di edificio ricade su entrambe le particelle (come presumo), è un'altra cosa.
Comunque nell'ipotesi di cui al punto 1) per me è sufficiente una rettifica in bollo dimostrando che l'intero corpo di edificio ricade su particella ad unico possesso.
Nell'ipotesi di cui al punto 2) io proverei a presentare sempre un'istanza di rettifica in bollo, dimostrando la percentuale di possesso di ciascun intestatario catastale, chiedendo di attribuire un'intestazione con quote provvisorie da definire con atto legale in luogo di ciascuno per i propri diritti.
Quanto sopra non è perchè sono cambiate le norme (obbligo di quadratura di titoli e quote di possesso) si debba necessariamente frazionare e/o accatastare ex novo (leggi spendere molti soldi).
Circa la percentuale di possesso da attribuire nel caso di edificio ricadente a cavallo fra due particelle a diverso possesso io mi sono sempre attenuto al calcolo della superficie coperta ricadente su ogni particella ed alla sua proporzionale ripartizione.
Esempio: ho un corpo di edificio di 100 mq. coperti di cui 40 mq. ricadono sulla particella di Tizio e 60 mq. sulla particella di Caio.
Ebbene nel caso di cui sopra Tizio avrà 40/100 di possesso con quote provvisorie da definire con atto legale e Caio i restanti 60/100.