Ho avuto un caso analogo (proprio con un serbatoio di acquedotto) e ti dico come è andata, dal punto di vista del comune (che seguo).
Praticamente il proprietario che ha scoperto di essere nell'elenco dei fabbricati "fantasma" si è recato in comune chiedendo spiegazioni, ritenendo lui già "venduta" l'area da oltre trent'anni.
Trovata la pratica in comune è emerso, come nel tuo caso, che fu firmato l'accordo bonario di cessione e liquidata l'indennità, ma non si procedette né al frazionamento, né all'acquisizione.
Il proprietario ha presentato ricorso in autotutela contro l'accertamento, controfirmato dal comune, allegando l'accordo di cessione e confermando che il fabbricato è di uso pubblico.
Siamo stati anche a colloquio col funzionario dell'AdT che, a voce, ci ha detto che gli pareva accoglibile. Infatti dopo un po' di tempo è arrivato al proprietario e al comune la revoca dell'accertamento e quindi non è stata pagata alcuna sanzione.
Il comune provvederà ora al frazionamento e all'accatastamento (a nome del proprietario, ma a firma del comune e in esenzione da diritti come esproprio per opera pubblica) e poi procederà al formale acquisto, in luogo del decreto di esproprio non più emittibile per decorrenza dei termini. Anche l'atto avrà le agevolazioni fiscali degli espropri.
Non si può solo frazionare e acquistare il terreno, per poi accatastare a nome del comune, in quanto è stata attribuita una rendita presunta (f. fantasma).