Nel caso di accatastamento azienda agricola, dove però il proprietario è in pensione (quindi ci sono i requisiti oggettivi ma mancano i requisiti soggettivi per il riconoscimento della ruralità), è possibile censire i fabbricati in categoria D/10?

Sicuramente si.
Infatti il censimento in D/10 non garantisce assolutamente il riconoscimento della ruralità.

ho immaginato la stessa cosa anch'io, solo che io non ho trovato nessun riferimento normativo che tratti la questione.

Nell'ipotesi che l'azienda venga affittata ad un coltivatore diretto, il fabbricato dovrebbe godere di tutte le agevolazioni ed i benefici della ruralità, oppure alcuni si ed altri no (ad esempio quelle per il trasferimento di proprietà)?

Ti consiglierei di rivolgerti all'Agenzia delle Entrate dal momento che l'Agenzia del Territorio tratta delle condizioni oggettive connesse tra fondo e fabbricati.