Fermo restando che i suddetti dati da inserire sono solo di natura statistica ti posso dire come mi comporto io.
Quando compilo un Docfa di nuova costruzione, inserisco il numero totale di tutte le unità, ripartite per destinazione, che tratto con il medesimo Docfa, anche se dovessero ricadere su più particelle, ad esempio sulle particelle 4001 e 4002.
Quando compilo un Docfa di variazione che interessi solo la particella 4001 di cui al suddetto esempio, inserisco solo il numero di tutte le unità, ripartite per destinazione, che ricadono sulla particella 4001.
In poche parole, in ogni caso, inserisco tutte le unità descritte nell'allegato elaborato planimetrico da variare e/o da costituire ex novo (qualora esista detto elaborato planimetrico in atti e nei casi di denuncia di variazione).
In linea generale inserisco almeno tutte le unità ricadenti nei mappali dichiarati nel modello 1NB - parte I, sezione A.
Nel tuo caso, poichè il fabbricato urbano che identifichi nei modelli 1N ricadono solo su uno dei due mappali, salvo casi particolari anche in riferimento a quanto sopra da me descritto, io indicherei solo le unità che ricadono sulla particella sulla quale ricade l'unità che devi variare.