Io in casi simili accatasterei solo la parte ricadente sulla particella di proprietà.
Non mi sono capitati sconfinamenti su aree pubbliche ma solo su particelle a diverso possesso del tipo corti comuni rurali, ecc.
In tali casi ho fatto sempre come sopra precisato.
A meno che il cliente non avesse avuto l'intenzione di regolarizzare la situazione catastale anomala attraverso la stipula di atti pubblici, successioni, ecc. anche utilizzando la dichiarazione di possesso ultraventennale in sede di atto, successione, ecc. (ove non si poteva o non si voleva stipulare un regolare atto di vendita da parte degli altri possessori della particella interessata dallo sconfinamento).
Non è il tuo caso perchè i beni pubblici non possono essere oggetto di usucapione.
Ti conviene anche vedere la situazione urbanistica e magari concordare con il Comune l'azione da intraprendere per evitare problemi più complessi.
Metti che il Comune intimi la demolizione della parte ricadente sulla strada comunale che figura ci farai con il Cliente?