Una volta (1989), per un caso più o meno simile (non trattato da me perché ero ancora un praticante Geometra), vi erano due fabbricati rurali A e B che presentavano due stanze sovrapposte, divise a metà come nel tuo caso in merito al confine catastale della mappa, nella realtà la stanza a piano terra era interamente posseduta dal proprietario del fabbricato rurale A e quella a piano primo dall'altro proprietario del fabbricato rurale B.
All'atto furono allegate planimetrie esplicative colorate dove si spiegava bene l'oggetto della permuta ovvero si evidenziava quanto doveva cedere A a B (metà vano a piano primo) e quanto viceversa doveva cedere B ad A (metà vano al piano terra).
Di conseguenza, prima dell'atto fu presentato un frazionamento delle sole aree di sedime dei due fabbricati (A prese il nuovo numero 1089 e B il nuovo numero 1090).
Dopo essere stato presentato ed approvato dal Catasto prima del suddetto atto, fu allegato all'atto stesso un modello 6 che definiva i nuovi perimetri delle rispettive unità del fabbricato diviso in subalterni.
Le quali definitive unità provvisoriamente furono evidenziate nel modello 26 e citate in atto come particelle 1089 sub 1 e 1090 sub 1 graffate, 1089 sub 2 e 1090 sub 2 graffate.
A seguito della voltura il Catasto fuse in mappa (e in atti) la 1089 e la 1090 in unica particella chiamandola 1089 (F.R.D.S.) e costituì le particella 1089 sub 1 (Porz. di F.R.) che intestò ad A a seguito della permuta, la particella 1089 sub 2 (Porz. di F.R.) che intestò a B a seguito della permuta.
Oggi la cosa è più complessa perché non si possono trattare in atti fabbricati rurali così censiti e/o comunque a suo tempo si poteva fare anche perché parliamo dei periodi in cui la trascrizione veniva eseguita come stralcio di quello che era scritto nell'atto per cui non era ancora in vigore l'obbligo degli esatti identificativi catastali da indicare nei modelli informatici della trascrizione.
Devi cioè censire i due fabbricati rurali al C.F. attribuendo alle due porzioni da permutare dei sub autonomi (non credo che puoi censirle dette porzioni come F/4 per cui devi dare loro una rendita).
Si va dal Notaio e, ad esempio, la 54 sub 2 viene ceduta al proprietario della 59 e la 59 sub 2 viene ceduta al proprietario della 54.
Dopo l'atto e la voltura devi presentare due Docfa di variazione dove fondi, ad esempio, la 54 sub 1 e la 59 sub 2, graffandole, la 54 sub 2 e la 59 sub 1, graffandole.