Certamente è che se i fabbricati sono abusivi un "semplice" accatastamento (atto di natura fiscale e cartografica) non può e non deve sanare urbanisticamente ciò che è abusivo.
L'Autocertificazione è meglio che la fai fare per il semplice fatto che è la proprietà che ti dichiara quando sono stati costruiti e non tu come tecnico.
Una bella lettera di incarico che il cliente specifichi per iscritto che lo vuole accatastare solo ai fini fiscali e che non intende procedere a verifiche edilizie/urbanistiche è meglio fargliela sottoscrivere (ivi compreso una manleva ad abbondanza)
Fermo restando che i DOCFA vengono trasmessi dall'ADT ai Comuni e che loro possono verificare la liceità edilizia quindi se si accorgono dell'incongruenza per il tuo cliente sono ceci.
Dovresti avvisare di ciò la committenza e verificare, sempre che lo voglia, se i fabbricati sono sanabili.
Responsabilità professionali protresti averne se non avvisi il cliente di quanto sopra e sulle conseguenze penali ed amministrative e fiscali che potrebbe incorrere.