Dipende dall'incarico e dal volere del proprietario, l'hai detto!
Non esistono norme che attribuiscono al professionista un potere sostitutivo circa gli obblighi posti in capo al proprietario dalla legislazione vigente.
Piuttosto, credo che, trattandosi di una vera e propria violazione di legge, il fatto vada denunciato alle Autorità competenti da parte di chi ne è a conoscenza.
Quindi, se il tuo incarico non ti pone nella condizione di venire, in qualche modo, a conoscenza dell'esistenza di un fabbricato limitrofo non accatastato (ad es. verifica della mappa, etc.) non ritengo non vi siano problemi.
Coi tempi che corrono, io, nel caso di accatastamento per nuova costruzione, nella maggior parte dei casi, suggerisco al proprietario due soluzioni:
1) accatastare tutto quello che ho a vista.
2) disciplinare nel quale egli dichiara di essere stato informato dal tecnico circa l'obbligo di dichiarare il tutto ma che si assume la piena responsabilità per ogni conseguenza derivante dalla denuncia parziale.
In mancanza, rifiuto l'incarico.
Pace e saluti.