Salve.
Il problema mi pare più giuridico che catastale: se i rogiti dicono che quel tal subalterno è stato acquistato da Tizio, prevalgono sulla rappresentazione catastale.
Ma ciò non permette di girare intorno al problema: c'è un errore e bisogna correggerlo!
La via migliore la può stabilire chi conosce il posto, in accordo con le parti. Ma non credo che fondere due particelle che hanno tuttora motivo per rimanere distinte sia utile.
Se un sub è di proprietà di A in base ad un rogito, non è corretto che entrambe le particelle siano censite in capo a B: o manca una voltura, o c'è un errore.
Nel primo caso la si presenta (allineamento o afflusso a seconda se sia o meno stata presentata a tempo debito ed eventualmente non evasa), nel secondo, individuato l'errore, si procede con istanza.
Però questi non mi sembrano tutti i casi possibili coerenti con la descrizione che hai dato, che pare molto generica.
Ad esempio è importante capire come si individuano con certezza i due fabbricati, e cosa fa pensare che siano in posizione diversa.
Tutti questi errori possono dare adito a soluzioni ad hoc.
Leonardo