1)
il protocollo lo puoi utilizzare come una tua numerazione progressiva, se da parte segui lo stesso metodo per le pratiche, oppure codifichi la data del rilievo, se ti torna facile ricordare il libretto dal giorno della sua redazione; altro metodo è usare foglioparticella, per ritrovarlo "istintivamente". Ultimo, un po' obsoleto, quello di usare lo stesso protocollo dell'estratto; fino a pochi anni fa, era il primo pezzetto di carta con una cifra realmente attinente al tipo.
Io le uso tutte insieme e faccio un casino.
2)
anche per i PF hai delle "libertà": se sono dello stesso comune e foglio, basterebbe il numero. Se è dello stesso comune, specificare il foglio.
Ciò non di meno usali sempre tutti per esteso e non sbaglierai mai. Io una volta ho avuto una sospensione perché il sistema non riusciva a completarsi la denominazione in automatico (e non era questione di allegati o altro...)
PS: non compilare la riga 8 dei PF; lascia che prenda i dati dalla TAF che avrai cura di caricare.
3)
"materialmente", appunto, perché stai parlando di dematerializzazione. si portano due copie firmate in originale ed il file PDF su chiavetta USB
a proposito: benvenuto.