Secondo me, trattandosi di unico corpo di edificio, seppur le porzioni sono divise da cielo a terra, devi creare un unico mappale e dividere, con subalterni e con Docfa, le varie porzioni ed aree scoperte.
Non sono a conoscenza di norme che impediscono di creare lotti separati come nel tuo caso ma mi risulta che alcuni uffici sembra non accettino la procedura da te adottata di costituzione di lotti e mappali separati all'interno di un unico corpo di edificio.
Comunque non vedo perchè devi complicare le cose.
In passato ho avuto due corpi di edificio gemelli ubicati in unico lotto e distanti fra loro poco più di 10 metri.
Ogni corpo di edificio era composto da due unità abitative e pertinenze disposte su più piani.
Ogni porzione abitativa e pertinenze era divisa, nell'insieme, da cielo a terra, come il tuo caso, ovvero ognuna era indipendente (per intenderci al piano seminterrato vi erano i garage, cantina, ecc., al piano rialzato e primo l'abitazione, la soffitta, ecc. , il tutto servito da un rispettivo vano scala interno esclusivo).
Ogni porzione abitativa e pertinenze possedeva una rispettiva (riferita alla porzione complessiva nell'insieme) corte esclusiva.
Per l'accesso alle rispettive porzioni, fra i due corpi di edificio era stata creata una strada comune a tutte le unità.
Pertanto con il tipo mappale ho creato un unico lotto, stesso numero di mappale, con i due corpi di edificio graffati all'area scoperta.
Con il Docfa ho creato tanti sub riferiti ciascuno ad una rispetttiva unità immobiliare urbana, ho creato dei B.C.N.C. comuni ai rispettivi appartamenti e garage (a suo tempo si poteva fare ovvero si poteva evitare di creare corti esclusive in presenza di una sola abitazione e pertinenze), ho creato un unico sub B.C.N.C. comune a tutte le unità del lotto con riferimento alla strada comune.
Ebbene le varie unità hanno subito vari passaggi di proprietà, concessione di mutui, pignoramenti immobiliari a seguito di fallimento di una delle ditte divenute proprietarie, ecc.
Non mi risulta che vi siano stati problemi.